Transferido para o Rio de Janeiro, em 1946, Smidt iniciou uma carreira administrativa difícil - prolongada e silenciosa, como é tradição entre os executivos da Varig. Em 1950, foi transferido para São Paulo, tornou-se diretor regional em 1957 e onde morou por dezoito anos. De volta ao Rio em 1961, foi galgando progressivamente os degraus da empresa, até a posição de diretor de administração e controle do conglomerado formado com a aquisição da Real e outras empresas de menor porte. Posteriormente, acompanhou a incorporação das rotas da Panair, com os aviões da companhia assumindo os vôos para a Europa num prazo de 24 horas.

O afastamento de Eric de Carvalho, vitimado por um derrame cerebral, levou Smidt à presidência em abril de 1980, e ao comando de 17200 funcionários. " A comunicação abalou os meus alicerces", chegou a confessar. "Com o mercado em baixa, passageiros e cargas diminuindo, senti que era o mesmo que ter um saco e não ter a farinha." Mas foi com ele à frente que a Varig consolidou a sua frota de wide-bodies, com a compra de dez DC-10, três Jumbos e um Airbus. Comprou mais três Jumbos à Boeing, financiados pelos japoneses, o Boeing 747-300, com maior número de assentos no convés superior (upper deck), além do Boeing 737-300 e Boeing 767. A frota tornou a Varig a 16a empresa do mundo em quilômetros voados.

Casado com Dona Norma, Smidt teve uma filha única, Eliana, e um neto, Roberto. Afastado da ribalta onde se movimentam tantos empresários brasileiros, discreto em suas aparições e adepto do jogging, que praticava no aterro do Flamengo, ao som de blues de seu walkman, Smidt não se perturbava quando os veteranos Electras passavam por cima de sua cabeça: "Esse avião é como vinho", dizia ele. "Quanto mais velho, melhor."

Em reconhecimento aos serviços prestados ao país, Helio Smidt foi homenageado com a ordem do Rio Branco no grau de comendador, entre outras condecorações. Em 1981, foi eleito o homem de vendas do ano, pela ADVB. Hoje, a avenida de ligação do aeropoto de Guarulhos, em São Paulo, foi batizada com seu nome. Helio Smidt faleceu aos 65 anos, em 11 de abril de 1990.