Desde então, o que se sabe sobre a predisposição de alguns indivíduos a ser atraídos por alguém do mesmo sexo continua bem mais obscuro do que aquilo que se conhece no campo da heterossexualidade. É improvável, contudo, que exista um gene que, por si só, determine a orientação sexual ou outros comportamentos humanos. É mais plausível que os fatores genéticos tenham uma participação apenas indireta, relacionando-se a traços comportamentais e influências externas, de caráter psicossocial, no desenvolvimento tanto da sexualidade quanto de outras formas de expressão das pessoas. Falar sobre o gene gay hoje é o mesmo que defender a predisposição humana ao crime, à capacidade de persuasão ou ao gosto artístico. Movimentos gays defendem que a procura de uma causa orgânica ou genética serviria só para justificar a insistência de alguns setores em achar uma possível "cura" para a homossexualidade.

Assim como aconteceu com os estudos com gêmeos, a controvérsia científica logo emergiu. Em 1999 o canadense George Rice examinou amostras genéticas de 52 duplas de irmãos gays e disse não ter encontrado sinais de que algum gene do Xq28 pudesse desempenhar qualquer papel relevante na orientação sexual. Essa guinada forneceu munição pesada para os céticos, que procuraram desmoralizar totalmente o trabalho de Hammer. O americano tentou argumentar que havia diferenças metodológicas importantes entre os dois estudos (como a forma pouco criteriosa pela qual o grupo canadense decidia quem era homossexual ou não), mas o estrago junto à opinião pública já estava feito. Hammer mudou de área e foi estudar a genética da religião.

Outros caminhos trilhados ao longo dos anos 1990 na busca por diferenças biológicas entre homossexuais e heterossexuais levou os pesquisadores a resultados inusitados. Foram encontradas diferenças em itens como a fertilidade das mães, o raciocínio espacial e até a relação entre o comprimento dos dedos anelar e indicador. "Pessoalmente, vejo essas descobertas com ceticismo, pois são diferenças muito pequenas", diz Bailey. Talvez a descoberta mas relevante tenha sido o chamado "efeito do irmão mais velho". Ao que parece, o número de irmãos mais velhos poderia elevar a probabilidade de que um homem nasça com orientação homossexual. Curioso é que o número de irmãs mais velhas não parece fazer diferença. Apesar de ganharem a atenção da mídia e dos especialistas, esses trabalhos não esclareceram realmente os eventuais mecanismos biológicos que influenciariam a orientação sexual.