No final do Séc. XVI, começou um movimento para o interior, pois o Governo Geral deu impulso à busca de ouro e prata, dando um caráter oficial às bandeiras. E ainda, após choques com os colonos, os jesuítas fundaram missões (reduções) no interior. Isso despertou a cobiça dos bandeirantes, pois existiam milhares de nativos acostumados ao trabalho agrícola, muito mais valiosos que os 'índios bravos'. Dessa forma começaram a atacar as reduções.
Em 1580 se iniciou a "União Ibérica", fato que ampliou os choques de interesses entre grupos de portugueses e espanhóis; foi nesse quadro que a atividade bandeirante se desenvolveu, caracterizada principalmente pela preação do índio, principalmente nos grandes aldeamentos de jesuítas, em especial os aldeamentos de espanhóis, em regiões do interior como Guairá, Itatim e Tape, próximas aos rios da Bacia do Prata.